Aplicações

EXTRAÇÃO E PURIFICAÇÃO DE ÁCIDOS NUCLEICOS

A obtenção de amostras puras de ácidos nucleicos é o passo inicial do processamento do material biológico, permitindo a realização de técnicas de biologia molecular, incluindo PCR, sequenciamento capilar, sequenciamento de nova geração e análise de microarrays.

A Helixxa tem uma grande experiência na extração de DNA e RNA total de amostras em diferentes origens:

• Tecidos animais (sangue, penas de aves, folículos capilares, peças anatômicas frescas, preservadas em RNAlater® ou fixadas em etanol)

• Tecidos animais fixados em formalina e emblocados em parafina (FFPE)

• Amostras de insetos com alto nível de quitina

• Tecidos vegetais (folha, raiz, caule)

• Fungos (filamentosos ou leveduras)

• Procariotos (Gram+ e Gram-)

Para projetos baseados em sequenciamento de nova geração, podemos isolar RNA para análise de transcriptomas e captura de regiões codificantes para análise de exomas.

SEQUENCIAMENTO (CAPILAR)

Esta técnica é a mais adequada (Gold Standard) para a confirmação de inserção de fragmentos ou genes em vetores plasmidiais, análise de amplificações por PCR e de genes conservados, permitindo a identificação de mutações ou variações conhecidas em genes de interesse, genotipagem de SNPs e inDels conhecidas e confirmação de especificidade de reação de PCR.

A Helixxa oferece serviços de sequenciamento automático pela plataforma Applied Biosystems® 3500 Genetic Analyzer, referência para esta tecnologia. Oferecemos ainda suporte de biologia molecular desde o desenho de primers para amplificação e sequenciamento até a análise dos resultados.

A Helixxa oferece serviços de sequenciamento automático pela plataforma Applied Biosystems® 3500 Genetic Analyzer, adequada para projetos envolvendo:

• Confirmação de inserção em vetores de DNA
• Procura por mutações conhecidas em genes de interesse, genotipagem de SNPs e inDels conhecidas a partir de produtos de PCR
• Confirmação de especificidade de reações de PCR
• Identificação da sequência de DNA de genes alvo
• Identificação e análise de SSRs

GENOTIPAGEM MICROSSATÉLITES

A análise de microssatélites em capilar permite a identificação de instabilidade genômica em amostras biológicas, o rastreamento de genes de interesse agropecuário e a realização de exames de identidade e paternidade.

A Helixxa possui conhecimento e experiência na análise de microssatélites para eucalipto, trigo, batata e cebola entre outros. Nosso suporte de biologia molecular permite a padronização de novos ensaios para a análise de microssatélites conhecidos em qualquer espécie de interesse.

A Helixxa oferece serviços de sequenciamento automático pela plataforma Applied Biosystems® 3500 Genetic Analyzer, adequada para projetos envolvendo:

• Confirmação de inserção em vetores de DNA
• Procura por mutações conhecidas em genes de interesse, genotipagem de SNPs e inDels conhecidas a partir de produtos de PCR
• Confirmação de especificidade de reações de PCR
• Identificação da sequência de DNA de genes alvo
• Identificação e análise de SSRs

ANÁLISE DE SNPS

A genotipagem de SNPs e inDels conhecidos é uma ferramenta essencial na identificação de mutações associadas a doenças, permitindo o aconselhamento genético de pacientes acometidos por síndromes hereditárias, incluindo diversas síndromes do câncer hereditário.

A genotipagem de SNPs é útil também na análise de variantes gênicas associadas ao melhor desempenho esportivo ou a características agropecuárias de interesse.

A plataforma utilizada pela Helixxa fornece ainda a capacidade de customização dos SNPs a serem analisados, permitindo assim que praticamente qualquer pequena variação seja genotipada.

A Helixxa oferece serviços de sequenciamento automático pela plataforma Applied Biosystems® 3500 Genetic Analyzer, adequada para projetos envolvendo:

• Confirmação de inserção em vetores de DNA
• Procura por mutações conhecidas em genes de interesse, genotipagem de SNPs e inDels conhecidas a partir de produtos de PCR
• Confirmação de especificidade de reações de PCR
• Identificação da sequencia de DNA de genes alvo
• Identificação e análise de SSRs

EXPRESSÃO GÊNICA

A Helixxa possui expertise na análise de expressão global por RNAseq em plataformas de Next-Generation Sequencing e análise de microarrays. A análise transcriptômica permite a identificação de mecanismos alvos de drogas, do efeito da inserção de genes exógenos, a comparação entre condições biológicas distintas e a caracterização funcional de amostras biológicas. O suporte de bioinformática personalizado a cada projeto permite a obtenção de resultados com eficiência e qualidade.

A plataforma NGS Illumina Hiseq, que utiliza a tecnologia de sequenciamento por síntese (SBS), se adequa perfeitamente a projetos que envolvem a necessidade de maior volume de informações geradas. Cada uma das 8 lanes de corrida por placa da plataforma geram em média 37,5 Gb com leituras single-read de até 100 pb. Este tipo de análise é ideal não somente para sequenciamento de grandes genomas (Gb´s), como para sequenciamento de RNAs (mRNA, pequenos RNAs), análises transcriptômicas, análises de metilação (Methyl-Seq) e análise de interações proteína-DNA (ChIP-Seq).

De maneira a facilitar a montagem dos contigs durante o sequenciamento e re-sequenciamento de genomas pode-se optar pelo sequenciamento Paired-End. Análises transcriptômicas e metagenômicas de múltiplas amostras podem ser feitas em uma única lane (multiplex), reduzindo o custo por amostra analisada de maneira dramática.

 

LEITURAVolume Total de dadosDados por Lane
(Modo Hight Output)
Dados por Lane
(Modo Rapid Run)
1 × 36 bpAté 144 Gb8 - 9 Gb4,5 – 5,5 Gb
2 × 50 bpAté 400 Gb22,5 - 25 Gb12,5 – 15 Gb
2 × 100 bpAté 800 Gb45 - 50 Gb25 – 30 Gb
2 x 125 bp*Até 1 Tb56,2 - 62,5 Gb-
2 x 150 bp**Até 180 Gb-37,5 – 45 Gb

*Corrida 2 x 125 bp disponível apenas no modo High Output SBS V4
**Corrida 2 x 150 bp disponível apenas no modo Rapid Run (2 lanes por Flow Cell)

CORRIDALeituras por Lane
(Modo High Output)
Leituras por Flowcell
(Modo Rapid Run)
Single ReadDe 150 a 200 milhõesDe 250 a 300 milhões
Paired-End ReadDe 300 a 400 bilhõesDe 500 a 600 milhões

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